Το ΕΦΑΠ2 διαθέτει πλήθος ερευνητικών οργάνων για την μέτρηση των οπτικών ιδιοτήτων των νεφών και των αιωρούμενων σωματιδίων, της ηλιακής ακτινοβολίας, όπως επίσης και για τη μέτρηση μετεωρολογικών παραμέτρων. Επίσης, διαθέτει σημαντική υπολογιστική υποδομή για την πραγματοποίηση προσομοιώσεων και την ανάλυση μεγάλων δεδομένων.

το ΕΦΑΠ2 λειτουργεί ένας πλήρως εξοπλισμένος μετεωρολογικός σταθμός μέτρησης θερμοκρασίας, υγρασίας, πίεσης, ταχύτητας και διεύθυνσης ανέμου, πίεσης, βροχόπτωσης και υγρασίας εδάφους. Ένας όμοιος μετεωρολογικός σταθμός λειτουργεί επίσης στις εγκαταστάσεις του ΠΠ στο Κουκούλι.

Στο ΕΦΑΠ2 λειτουργεί ένας πλήρως εξοπλισμένος ακτινομετρικός σταθμός, με πυρανόμετρα, πυρηλιόμετρο και φασματοφωτόμετρα για την άμεση, διάχυτη, ολική και κεκλιμένη ηλιακή ακτινοβολία στην περιοχή 300-1100nm, καθώς και μονάδα βαθμονόμησης πυρανομέτρων.

Το ΕΦΑΠ2 διαθέτει πλήρη δίκτυα αισθητήρων μέτρησης των PM1, PM2.5 και PM10 σε διάφορες πόλεις της Ελλάδας και έχει αναπτύξει μια σειρά αλγορίθμων βαθμονόμησης, ελέγχου ποιότητας και ανάλυσης των αποτελεσμάτων, με τη χρήση μέτρησης οργάνου μέτρησης της συγκέντρωσης των αιωρούμενων σωματιδίων σε 31 κανάλια μέτρησης (GRIMM 365).

Το ΕΦΑΠ2 λειτουργεί συστήματα ψηφιακής απεικόνισης του ουράνιου θόλου (κάμερες Mobotix) και έχει αναπτύξει μία σειρά αλγορίθμων για την εκτίμηση των οπτικών ιδιοτήτων των αιωρούμενων σωματιδίων και των νεφών.

Ο εξοπλισμός του ΕΦΑΠ2 περιλαμβάνει υπολογιστικές υποδομές για την χρήση μοντέλων διάδοσης της ηλιακής ακτινοβολίας και των μοντέλων πρόγνωσης καιρού, καθώς και την στατιστική επεξεργασία των αποτελεσμάτων.